음경의 크기는 갓 출생한 남아에서 2.0~3.5cm이지만 처음 2년 사이 약 1.0cm가 자라고 그 다음에는 11세까지 약 1.5cm가 더 자란다. 따라서 생후 몇 년간 음경의 크기는 혈중 남성호르몬이 바닥 수준임에도 불구하고 호르몬의 영향 없이도 서서히 커진다. 그 후 12~14세의 사춘기에 이르면 고환에서 남성호르몬이 분비되면서 음경의 성장은 급격히 빨라져 6~9cm의 성인 크기에 이르게 되며, 20대 초반에 이르면 음경의 성장은 거의 완성된다. 

일단 성장이 끝난 음경은 성관계를 자주하거나 남성호르몬 보충을 한다하여도 더 커지거나 굵어지지는 않는다. 그렇다면 흔히들 ‘나는 왜 이렇게 다른 사람에 비해 그것이 작은 것일까?’라고 고민하는 왜소음경의 기준은 뭘까? 
의학적으로 음경의 길이는 음경을 잡아당긴 후 귀두에서 치골상부 피부까지의 길이로 판정하는데, 음경 길이가 2배수 표준편차 (2SD)를 벗어날 정도로 작다면 왜소음경, 그리고 2SD 내에 있다면 정상 범위로 평가된다. 하지만 이외에도 환자가 심리적으로 자신이 작다고 여겨서 심한 스트레스를 받는다면 넓은 범위에서 왜소음경으로 인정해주기도 한다. 

왜소음경은 2000명에 1명의 빈도로 발생하며 음경길이가 4cm 이하인 경우 왜소음경의 범위에 들어간다. 음경 크기에 대한 구미의 연구에서 발기 시 음경길이 13cm, 직경 2.5cm 미만인 경우 음경발육부전으로 정의하였다. 반면 음경의 발기되지 않은 이완상태에서 길이 9.0cm, 중간 축 둘레 10.0cm 및 당겨서 잰 길이의 기준은 12.5cm가 표준범위로 말한다. 
하지만 이들은 모두 서양인의 기준으로 한국 남성에서 음경의 길이와 둘레의 평균은 발기되지 않고 이완된 상태에서 각각 7.4cm와 8.3cm 로 흑인이나 백인 보다 작다. 

그럼에도 불구하고 여성에서 질의 직경은 기혼녀와 경산부에서 각각 4.0~5.0cm 및 6.0~8.0cm이며 길이는 약 13cm이지만 성감대가 질 입구 3분의 1에만 있다는 것에 비춰볼 때 음경의 길이가 5cm이상이면 성교에는 큰 지장이 없다. 
실제 음경의 크기는 발기전후, 배뇨전후 등의 신체의 생리적 조건, 보는 각도 또는 연령에 따라서도 조금씩 차이가 있으므로 음경의 크고 작음을 외견상 보이는 대로 판단하는 것은 적절하지 않다. 

특히 다른 사람의 음경은 정면에서 보는 관계로 실제 크기대로 보이나 자신의 음경을 볼 때는 음경의 한 면을 위에서 아래로 보기 때문에 각도 관계로 인해 실제 크기의 약 70% 정도로 보인다. 

이상과 같이 음경이란 장기는 인종에 따라서도 매우 다양하며 또한 한 개인에서도 발기상태와 평소가 크기나 형태면에서 완전히 다르고 기능도 다양해 변화는 그야말로 다이내믹한 인체기관임에 분명하다.